Trước năm 2003, sân Thống Nhất là sân bóng đá lớn nhất và hiện đại nhất Việt Nam, được chọn làm Sân vận động Quốc gia (National Stadium). Thập niên 1990, sân một lần nữa được cải tạo, nâng cấp lên sức chứa 18.000 người, và bổ sung thêm công năng thi đấu thể thao đa năng. Mãi đến năm 2003, khi sân Mỹ Đình được xây dựng xong với sức chứa 40.000 người, vai trò Sân vận động Quốc gia của sân Thống Nhất mới kết thúc.

Năm 2005, sân một lần nữa được sửa chữa lớn để chuẩn bị phục vụ cho Đại hội Thể dục Thể thao toàn quốc lần thứ V năm 2006. Tuy nhiên, đợt sửa chữa lớn này đã gây ra nhiều tai tiếng khi chất lượng cải tạo quá tệ hại và thời gian thi công kéo dài, họ đã đập bỏ bớt các bậc ngồi của 2 khán đài C và D làm giảm chỗ ngồi từ 18.000 chỗ ngồi xuống còn 16.000 chỗ ngồi để làm sân điền kinh. Mãi đến cuối tháng 6 năm 2007, sân mới được báo cáo cải tạo xong tất cả các hạng mục với tổng kinh phí phát sinh lên đến 14 tỷ đồng. Tuy nhiên, chất lượng hạ tầng kém của sân vẫn để lại nhiều tiếng xấu cho đến thời điển hiện tại.[10]

Trong suốt các mùa giải bóng đá, sân luôn được chọn là sân nhà của từ 1 đến 2 đội bóng đang thi đấu tại Giải bóng đá vô địch quốc gia. Riêng liên tiếp trong 3 mùa giải 2013, 2014, 2015, không có đội bóng đang thi đấu ở Giải bóng đá vô địch quốc gia chọn sân Thống Nhất làm sân nhà. Mãi đến mùa giải V-League 2016, một đội bóng nhập khẩu từ Hà Nội vào Thành phố Hồ Chí Minh là Sài Gòn FC mới sử dụng sân Thống Nhất làm sân nhà. Bên cạnh đó, Câu lạc bộ bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh vốn thi đấu ở giải hạng nhất được thăng hạng và sẽ được thi đấu ở V-League 2017. Hiện tại ở V-League 2020 đang là sân nhà của câu lạc bộ bóng đá Thành phố Hồ Chí Minh và Sài Gòn FC.